新學期才剛開始的高中生阪井悠二過著普通的日常生活，之後突然平靜的生活被打亂。 他被神秘男子弗里亞格內襲擊，危急時刻一個少女出現保護了悠二，並告訴他：《你已經‘不存在’了》。 一個由奇才高橋彌七郎帶來的奇妙學園故事開始了……